Nejčastějšími poplatky, které si banky účtují, jsou poplatky za vyřízení úvěru a poplatky za vedení úvěrového účtu. Dále je při sjednání hypotéky nutné počítat i s poplatkem za vypracování odhadu ceny nemovitosti. Mimo výše úrokové sazby doporučujeme sledovat i ukazatel RPSN. Sankce a pokuty u hypotéky mohou být účtovány například při nečerpání hypotéky, nedočerpání hypotéky, při prodlení se splátkou nebo za její předčasné splacení (mimo výročí smlouvy).